Визначення стійкості ВІЛ до антиретровірусних препаратів є раціональним додатковим інструментом при виборі схеми антиретровірусної терапії.
У поєднанні з детальною історією попередньої лікарської терапії та із зусиллями, спрямованими на максимальне дотримання призначеного режиму лікування, аналізи на стійкість щодо ліків можуть сприяти підвищенню переваг антиретровірусної терапії.
Численні дослідження, проведені на хворих з історією застосування лікарських препаратів, продемонстрували сильну кореляцію між наявністю стійкості до ліків (визначеної за допомогою генотипного і фенотипного аналізу на резистентність) і вірусологічною неефективністю антиретровірусної терапії.
Генотипні аналізи дозволяють визначити мутації стійкості до ліків, присутні в генах вірусу (а саме, у гені зворотної транскриптази і протеази). Деякі генотипні аналізи включають визначення послідовності всього гену зворотної транскриптази і протеази, інші аналізи використовують зонди для виявлення окремих мутацій, що призводять до формування стійкості до ліків.
Генотипні аналізи можуть виконуватися відносно швидко, так що результати можуть бути отримані в межах 1-2 тижнів після одержання проби крові від хворого.
Інтерпретація отриманих результатів вимагає оцінки набору мутацій, що селектуються різними антиретровірусними препаратами, а також можливості перехресної резистентності до інших лікарських препаратів, що викликається деякими з таких мутацій.
Для кращої інтерпретації результатів генотипного тестування рекомендується проконсультуватися з лікарем-лабораторним фахівцем з стійкості ВІЛ до лікарських засобів.
Фенотипні аналізи базуються на визначенні здатності вірусів до реплікації в присутності різних концентрацій антиретровірусних препаратів.
У даний час налагоджено комерційний випуск наборів для автоматизованого фенотипного аналізу рекомбінантів, що дозволяють одержувати результати в межах 2-3 тижнів; однак, як правило, фенотипні аналізи є дорожчими в порівнянні з генотипними аналізами.
При рекомбінантному фенотипному аналізі в структуру лабораторного клону ВІЛ шляхом клонування чи рекомбінації in vitro уставляють фрагменти генів зворотної транскриптази і протеази, отриманих з ВІЛ РНК, виділеної з плазми крові хворого. Розмноження рекомбінантного вірусу при різних концентраціях препарату визначається шляхом експресії гену-репортера і порівнюється з розмноженням еталонного штаму ВІЛ. Розраховується концентрація препаратів, що пригнічують розмноження вірусу на 50 і 90% (тобто, IC50 і IC90), і відношення IC 50 для досліджуваного вірусу й еталонного вірусу розраховується як коефіцієнт збільшення IC50 чи як коефіцієнт стійкості.
Інтерпретація даних за фенотипним аналізом стійкості ускладнюється недостатністю даних щодо специфічного рівня стійкості (коефіцієнт збільшення IC50), зв'язаного з неефективністю різних препаратів; у цьому випадку для інтерпретації результатів аналізу також може виявитися корисною консультація з фахівцем.
До інших недоліків генотипного і фенотипного аналізу на стійкість відноситься відсутність єдиної гарантії якості для всіх наборів для аналізів, що існують в даний час, відносно висока вартість і нечутливість для невеликих популяцій вірусу; якщо в зразках присутні віруси, стійкі до лікарських препаратів, але їхній зміст складає менш 10-20% популяції вірусу в кровотоку, вони, імовірно, не будуть виявлені за допомогою існуючих у даний час аналітичних методів. Це обмеження є особливо важливим, коли проводиться інтерпретація даних по чутливості до лікарських препаратів, які хворий приймав у минулому, але які не входять у схему лікування, застосовувану на момент проведення аналізу.
При розвитку лікарської стійкості до препарату, що у подальшому був відмінний, стійкий до такого препарату вірус може складати незначний, мінорний компонент, оскільки він утратив переваги у відношенні росту. Відповідно, аналізи на стійкість повинні проводитися, коли хворий застосовує свою схему антиретровірусної терапії, а дані, що свідчать про відсутність стійкості, повинні інтерпретуватися з обережністю, з огляду на схеми лікування, що застосовувалися раніше.